板蓝根的采收在秋至霜降时采挖;夏播的宜在霜降后采挖。从畦的一侧顺垅开沟，将根全部挖出。根据各地经验，秋末采挖的板蓝根质量优于春季采挖的，因此，应提倡秋季采挖。

板蓝根的加工：抖净泥土，在芦头和叶子之间用刀切开，分别晾晒干，拣去黄叶和杂质，即为商品板蓝根和大青叶。

板蓝根炮制工艺：拣净杂质，洗净，润透，切厚片，晒干。

板蓝根储藏：

1、板蓝根一般用麻袋包装，每件30-40公斤。贮于仓库干燥处，温度28℃以下，相对湿度65-75%。商品安全水分11-13%。

2、板蓝根易虫蛀，受潮生霉、泛油、变色、散味。吸潮品返软，两端及折断面易出现白色或绿色霉斑;泛油品断面颜色加深，溢出油状物，气味散失。危害的仓虫有黑皮蠹、花斑皮蠹、锯谷盗、长角谷盗、药材甲、烟草甲、粉斑螟、印度谷螟等，蛀蚀品表面可见蛀孔、虫粪，严重时只剩空壳。储藏期间，应定期检查，发现初霉、虫蛀，及时晾晒或用磷化铝、溴甲烷熏杀。

3、有条件的地方可进行密封抽氧充氮养护。